La Coppa Mercosur venne disputata solo per poche stagioni fra club appartenenti ai campionati di Brasile, Argentina, Uruguay, Paraguay e Cile. Parallelamente i club di Bolivia, Perù, Ecuador, Colombia e Venezuela disputavano la Coppa Merconorte. Con la loro soppressione le competizioni vennero unificate nella Coppa Sudamericana.

 

1998 Belo Horizonte e San Paolo PALMEIRAS Cruzeiro - Palmeiras 2-1 1-3 0-1
1999 Rio de Janeiro e San Paolo FLAMENGO Flamengo - Palmeiras 4-3 3-3
2000 Rio de Janeiro e San Paolo VASCO DA GAMA Vasco da Gama - Palmeiras 2-0 0-1 4-3
2001 Rio de Janeiro e Buenos Aires SAN LORENZO Flamengo - San Lorenzo 0-0 1-1 (3-4 d.c.r.)