| La Coppa Mercosur venne disputata solo per poche stagioni fra club appartenenti ai campionati di Brasile, Argentina, Uruguay, Paraguay e Cile. Parallelamente i club di Bolivia, Perù, Ecuador, Colombia e Venezuela disputavano la Coppa Merconorte. Con la loro soppressione le competizioni vennero unificate nella Coppa Sudamericana. |
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| 1998 | Belo Horizonte e San Paolo | PALMEIRAS | Cruzeiro - Palmeiras 2-1 1-3 0-1 |
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| 1999 | Rio de Janeiro e San Paolo | FLAMENGO | Flamengo - Palmeiras 4-3 3-3 |
| 2000 | Rio de Janeiro e San Paolo | VASCO DA GAMA | Vasco da Gama - Palmeiras 2-0 0-1 4-3 |
| 2001 | Rio de Janeiro e Buenos Aires | SAN LORENZO | Flamengo - San Lorenzo 0-0 1-1 (3-4 d.c.r.) |